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Materials Studio 2025版來啦!

作者:
北京泰科
2024/12/13
瀏覽量
【摘要】:
Materials Studio 2025新功能

關鍵技術要點:

1.停止支持Red Hat Enterprise Linux 8.0、8.1、8.2、8.3、8.4、8.5以及Windows Server 2016 Essentials;

2.支持Windows 10多會話(multisession)、Red Hat Enterprise Linux 9.x、Rocky Linux 8.6及更高版本、Rocky Linux 9.x;

3.支持Slurm負載管理器23.x;

 

新功能:

1.Forcite支持MACE學習模型力場;

2.Forcite支持GPU加速,GPU加速支持范德華和靜電相互作用計算的“group sum方法”;

3.更新了COMPASS III力場中磷三鹵化物、鈦酸鹽、N-O鍵和鋇離子參數(shù);

4.使用介觀尺度(mesoscale)力場構建介觀分子的無定形胞;

5.支持Linux平臺CASTEP模塊GPU加速,大幅加速了非局部交換相關泛函的昂貴計算;

6.CASTEP支持meta-GGA交換相關函數(shù)R2SCAN(Furness,2020);

7.CASTEP支持GGA泛函:PBE、PBESOL、RPBE、BLYP的Grimme D3色散校正;

8.FlexTS支持CASTEP模塊的最小能量路徑模擬,以預測反應路徑;

9.DFTB+支持預測振動光譜;

10.根據(jù)分子動力學軌跡進行離子簇分析。

 

增強功能:

1.Amorphous Cell模塊大幅提高性能,特別是對于大分子系統(tǒng);

2.介觀結構建模支持運動群(motion groups),允許用剛性和柔性分子填充模板;

3.Grimme D3色散校正現(xiàn)在CASTEP支持GGA泛函:PBE、PBESOL、RPBE、BLYP的Grimme D3色散校正,涵蓋了Z=94以下的所有元素,因此可以研究相關錒系化合物;

4.Mesocite包括一個新的Builder工具,使用中分子(mesomolecules)和Mesocite力場構建介觀尺度無定形胞。Mesocite Builder基于珠結構的力場進行Mesocite能量和幾何優(yōu)化計算?;贛aterials Visualizer和Materials Script,打開介觀尺度建模功能,完成新的構造、排列和約束層模型de 建立。

5.Materials Studio平臺完全發(fā)揮DFTB+功能。坐標、電荷和能量等屬性轉移到內存中,從而顯著提高了對型系統(tǒng)的計算性能;

6.COMPASSIII中新的p3型力場為PF3等磷三鹵化物提供了支持;

7.Materials Script API可以為Motion Group定義新特性。Motion Group Atoms和Motion Group Beads屬性分別提供運動組原子和珠子的只讀性質;

8.Forcete和Mesocite進行NPH或NPT系綜計算,直接輸出應力和壓力圖;

9.DMol3的Diels-Alder反應動力學教程使用最小能量路徑任務而不是TS搜索任務,演示更準確的反應預測步驟;

10.COMPASSIII中新的力場n3o+在更為準確的描述芳香結構中的N-O鍵的部分電荷;

11.從3DEXPERIENCE云服務器上運行的Pipeline Pilot協(xié)議可靠地下載特大文件;

12.COMPASSIII新型力場ti4o3為鈦酸鹽結構(如BaTiO3)提供了支持;

13.Conformers教程使用COMPASSIII力場預測更真實的偶極矩;

14.CASTEP利用FlexTS模塊進行最小能量路徑模擬,預測反應路徑;

15.色散校正不支持包含混合原子的無序系統(tǒng)的CASTEP VCA計算;

16.ONETEP雜化交換相關泛函計算,在粗精度和中等精度下計算效率更高;精細精度和超精細精度下盡管速度較慢單計算更準確;

17.DFTB+頻率屬性計算提供振動光譜;

18.提高徑向分布函數(shù)的計算性能,特別是對于多原子或珠子的系統(tǒng);

19.COMPASSIII新力場ba+2為鋇離子提供了支持;

20.CASTEP支持meta-GGA交換相關函數(shù)R2SCAN(Furness,2020);

21.ONETEP學術版升級到7.1;

22.GULP學術版本升級到6.3;

23.CASTEP的Linux版支持GPU加速,大幅加速了涉及非局域交換相關泛函的昂貴計算;

24.Materials Studio腳本菜單中增加兩個新腳本,用聚類總體分析方法計算軌跡中的離子分類,根據(jù)熱圖可視化結果平均聚類;

25.Forcite GPU支持范德華和靜電相互作用的Group sum方法;

26.改進CASTEP的OTFG超軟贗勢描述4f和5f元素設置。基于Bosoni等人的出版物(《自然物理評論》62024年第6期,第45-58頁);

27.CASTEP和DMol3彈性系數(shù)計算中,引入一種新的晶體彈性各向異性標量對數(shù)歐幾里得度量;

28.DMol3增加新的教程,說明有效屏蔽介質(ESM)的使用方法;

29.支持構建介觀尺度分子時,可以選擇隨機化分子構象;

30.Mesocite增加新教程,說明如何使用新的Mesocite Builder構建介觀尺度聚乙烯的無定形胞;

31.Materials Studio支持Python3.12.4;

32.CASTEP支持超軟贗勢計算壓電系數(shù);

33.Forcite在Nvidia卡獲得一致的GPU加速性能;

34.Materials Studio 2025的GateWay支持Red Hat 9.x,其中x大于3;

35.Materials Studio支持MACE類機器學習力場,包括兩個新的MACE力場。有關詳細信息,請參見Materials Studio聯(lián)機幫助;

 

修正功能:

1.CASTEP的大體系、高q矢量的聲子頻率計算不再因Windows網(wǎng)關上的錯誤而終止;

2.COMPSSIII支持S=P雙鍵描述;

3.修復了使用查找等效原子工具時,導致撤消有時失敗的問題;

4.玻爾茲曼反演腳本現(xiàn)在可以嘗試通過使用總量而不是分子內徑向分布函數(shù)來處理包含無限網(wǎng)絡的模型;

5.大于100埃的分子動力學移動會停止計算并顯示錯誤消息,但Granular Dynamics除外,其最大值為一百萬埃。這將恢復實施Granular Dynamics之前的遺留行為;

6.Forcite GPU計算中PPPM方法可以可靠地處理原子間距較小的情況;

7.Pipeline Pilot Connector中的Protocol幫助中鏈接外部URL,可以使用默認瀏覽器;

8.CASTEP的非共線自旋計算可以正確設置未占據(jù)帶的數(shù)量(考慮簡并性的提升);

9.XSD文檔導出為CAR格式文件將始終為CAR文件應用正確方向。這種方向變化過去是有條件的,如果變化接近統(tǒng)一,則跳過;

10.CIF格式模型導入,對對稱定義的文本語法變化更加寬容;

11.DMol3計算拉曼特性時正確重置幾何優(yōu)化;

12.修訂了Windows上使用多核計算DFTB+cosmo文件,并寫入失敗問題;

13.Mesocite不再偶爾報告與鍵增量相關的錯誤;

14.Snapshot Trajectory和Snapshot Study Table關鍵字的文檔和F1查找已得到更正;

15.如果分子質量在兩次運行之間發(fā)生變化,Amorphous Cell給出正確的密度;

16.MS Martini 3的默認相對介電常數(shù)現(xiàn)在設置為15,以便通過Materials Studio Martini 3 Tools更容易生成自定義力場;

17.預測3-氧雜二環(huán)(3.2.0)庚-1,4-二烯多晶型物的晶體結構預測教程使用COMPASSIII力場,更準確地預測可能的晶體堆積排列;

18.教程“計算兩種聚合物的混溶性”使用COMPSSIII作為力場;

19.預測潛在抗癌藥物多態(tài)性教程使用COMPASS III力場更準確地預測可能的晶體堆積排列;

20.Blend教程“聚合物混合物相容性篩選”現(xiàn)在基于COMPASS III力場的使用;

21.教程“繪制簡單分子”中繪制甲基丙烯酸甲酯的說明已經(jīng)更新;

22.修正了DFTB+生成電子參數(shù)(Generate Electronic Parameters)示例腳本路徑名中空格的問題;

23.加載狀態(tài)文件時,F(xiàn)orcite能量選項卡上的控件可以正確啟用或禁用;

24.可以更準確地生成周期性納米管的鍵序;

25.解決某些數(shù)字微調器控件在非英語區(qū)域設置中表現(xiàn)不正確的問題;

26.在大體系CASTEP計算過程中請求極化率IR和拉曼光譜屬性時,解決了保存二進制檢查文件時,過程停止問題;

27.DMol3和DFTB+中“Minimum Energy Path”對話框的文檔,正確地描述指定TS候選的設置;

28.DMol3運行“Minimum Energy Path”任務時,糾正了有效篩選介質真空間隙驗證問題;

29.導入某些CIF文件時,Materials Studio不再報告有關未結合氫的警告;

30.調試模式下運行Force GPU腳本,而進程遇到錯誤時,系統(tǒng)會給出改進信息;

31.Mesocite密度場分析不再間歇性地報告“Permission denied”錯誤,提供更清晰的錯誤消息;

32.更新COMPASSIII中分子氫(H2)的鍵拉伸和范德華參數(shù),提高擴散性能描述準確性;

33.Forcete各向異性恒壓器正確地處理方向不標準(C=Z、Y=B、A=X)的結構;

34.DFTB+輸運任務檢查周期性結構的觸點是否沿Z方向;

35.解釋不同Materials Studio模塊如何支持約束的文檔得到了顯著改進;

36.肟和硝酸鹽中氧原子的COMPASSIII力場類型等效性得到了改進;

37.DMol3分析中,如果遇到因結構缺失Hessians而導致的速率系數(shù)計算錯誤,系統(tǒng)現(xiàn)在會提供給用戶一個建議的行動來糾正這個問題;

38.查看GULP力場庫時,文本展現(xiàn)會考慮行尾,使顯示更容易閱讀;

39.檢查包含非英語語言環(huán)境的特殊字符的Materials Scripts的語法時,不再報告問題;

40.Morphology的Copy Script函數(shù)包括Energy Method設置;

41.解決了在過渡態(tài)附近采樣時扭轉角的問題;

42.MaterialsScript可以導入壓縮的study table文檔和軌跡文檔。Microsoft Windows Server 2016不支持此功能;

43.Cantera教程中Laminar預混合火焰使用總和為1的摩爾比值;

44.Granular Dynamics Compression腳本不再報告使用未初始化變量的警告;

45.更準確的描述MS Martini 3力場;

46.糾正當選擇各向異性恒壓器時,F(xiàn)orcite動力學壓力控制有時無法正常工作的問題;

47.MaterialsScript Martini3Tools生成詳細報告,包括失敗進程的消息;

48.COMPASS III力場改進了磷酸參數(shù);

 

已知問題:

1.在涉及并行計算的某些情況下,大分子和大基組的DMol3 TD-DFT計算可能會導致整數(shù)溢出。解決方法:使用較小的基組或在單個核心上運行;

2.CASTEP TD-DFT計算具有高激發(fā)密度大系統(tǒng)的光學性質會產(chǎn)生非物理介電函數(shù)和相關的光學性質;

3.導入老版本的Materials Studio XMS設置文件時,有時打開對話框時設置不會保留。解決方法:從以前的Materials Studio版本復制整個文件夾,設置將保留;

4.當用COMPASIII模擬鈦酸鹽(如鈦酸鋇)時,必須手動將ti4o3類型分配給鈦原子;

 

License Pack增強功能:

1.BIOVIALicense Pack使用QT 5.15版本;

2.License Pack更新以支持Red Hat Enterprise Linux 9.x。

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